司马光随即联合当时驻在大名府，官居河北安抚使的韩琦，向皇帝奏明了青苗贷款是如何分配出去的。韩琦在奏折上说：赤贫之民有分担的款额，富有之家则要求认捐更多。所谓青苗贷款也分配给城市居民负担，也分配给地主和靠放债伺机兼并贫民土地的人，须知这两种人正是青苗法所要消灭的。不可不知的是，每借进一笔钱，短短数月之后就要付出一分半的利息。不论朝廷如何分辩，说贷款与民不是以营利为目的，百姓都不肯相信。韩琦指出，纵然阻止强迫贷款，要力行自愿贷款，并无实际用处，因为富户不肯借，穷人愿借，但无抵押，最后仍须保人还债。还请朝廷中止新法，召回特使，恢复故有的常平仓制。甚至还进一步指出：以这样的方法榨取民脂民膏以充国库而供皇帝穷兵缴武，并不足以言富国之道。

皇帝看到这些奏折时不免犹豫，王安石坚持反驳，他对皇帝说这是目前最切实可行的富国之道，青苗法虽旨在令农民受益，但如果城市居民也需要便也可贷款给他们收取利息双方得益，何乐而不为呢。

神宗欲查明实情，便派出两个太监到外地视察情况。两个太监都是会省时度势之人，知道王安石变法之心甚坚，若报实情必定惹祸上身，于是回报时说青苗法甚得民心，并无强迫销售之事。于是打消了皇帝的疑虑，继续推行青苗法。

其间皇帝曾问过司马光对王安石的看法。他回答说："百姓批评王安石虚伪，也许言之过甚，但他确是不切实际，刚愎自用。"他当时官职是翰林学士，相当于皇帝的御前顾问和谏官，凡看见不合理之事必出言直谏，而王安石的变法，正是他觉得最不合理的事。

其实之前已有另外两件事令他与王安石矛盾激化了。

熙宁元年三月二十一日，大理寺把一件刑部与登州争论难决的"谋杀已伤案"上呈皇帝裁定。于是神宗诏令翰林学士司马光、王安石等人共议。

山东登州有一美丽的少女在母丧期间被迫与一自己不喜欢的丑男结婚。少女悲戚而愤怒，遂于夜间收割黍谷时，乘丈夫酣睡之时，挥起镰刀砍在那男人身上。后虽连砍了十余刀，但丑男却并未咽气，被闻声而来的人所救。州府得知，急捕少女归案，并严刑审讯，少女对有意杀夫一事供认不讳。故此登州知州许遵以"伤人自首"为由，判"罪减二等，不当绞"上报朝廷。刑部、大理寺复审此案，认为应判女犯以绞刑。翰林院众人听后各抒已见，一派觉得此女杀夫意识影响坏，伤风化，应从严发落，一派则认为情有可原，应该从宽处置，而两派的代表则分别是司马光和王安石。

司马光虽然也觉得美女嫁丑男可悲可叹，如若生活下去必定痛苦一生，此女动机可以理解，但法不容情，若予以宽宥，恐今后贼杀横行，良民遭殃。所以极力主张处女犯以绞刑。

王安石则坚持认为此案发生之本源，乃男女婚姻不配所致，弱女苦楚难忍而伤人，是对天命婚姻之抗争，不失为烈性刚强之女，令人钦服。而且招供也是自首，理当减刑，活女子一命。

两派争持不下，请皇帝定夺。

那神宗原来也是个怜香惜玉之人，当即微笑道："介甫先生高论，甚合朕意。"

这案子以王安石的胜利告终，其实里面蕴涵的意义更是超出了一般刑罚范畴，这代表着皇帝的一种倾向，表示着他对王安石的全然信任和施政治国态度原则的认可，觉得王安石敢于反对以司马光为代表的传统夫子重臣意见而坚持己见与之对抗，正是说明他是自己需要的将变法进行到底的关键人物与力量。

还有一次事关"理财"之争。

熙宁元年八月十四日，朝廷重臣议事于延和殿。皇帝诏令商议河北灾情救济之策，以解国用不足之虑。翰林学士承旨王珪提出：今年郊祭赏赐东西二府大臣都不领取，节省的银两可用于救灾。司马光一向觉得皇帝对宗室及朝臣赏赐不节，立即附王珪之议，并倡议：两府大臣节省的赏银只有二万两，不足以救灾。节省赏赐应当从皇帝身边的官吏作起，文臣两府、武臣、宗室刺吏以上官吏，都应当减半赏赐。其节省赏银，全部用于救灾。

王安石再次反对，说赏赐之数很少，若不赏赐必有伤国体，而且国用不足并非朝廷当务之急，当务之急是找一个"能够做到不加赋税而国用足"的理财大臣。

司马光驳道："天地所生财货百物，止有此数，不在民间，则在官府。'不加赋税而国用足'，不过是设法阴夺民利，其害甚于加赋。此乃桑弘羊欺骗汉武帝之言，太史公司马迁以此讥笑汉武帝之不明。此论岂可以为实啊！"