迫于压力，联邦警察局开展了调查，很快抓获了嫌犯。但是在抓获的当晚，警察局就遭到了不明身份人群的袭击，嫌疑犯逃脱。尽管科培尔警察局长向联邦元首请求辞职，但是德拉斯元首却不允许，并在办公室的争论里，脱口说出了心声：“其实，我并不想因为一个屠夫应得的死亡，而失去我忠心的部下。”

于是，警察局长得以留任。

而这句话不知怎地被流传了出去，顿时在军队里引起了轩然大波。士兵们为他们所爱戴的统帅遭到的不幸与侮辱而愤怒起来，不断地脱离军营，上街进行抗议与示威，事态迅速扩大，从科培尔星球的开始，渐渐半个银河系的军队都卷入了其中。而三大将领中除了联邦空军陆战队司令摩尔上将出手阻止了手下军士以外，另外两名将领斐迪亚斯上将和科塔夫上将却无意控制手下的违纪行为，甚至还暗中加以鼓励。

眼见联邦政府迟迟不能抓获嫌疑犯，士兵们开始不满，私下里自行组织起来展开了搜捕——据说，这个违反联邦宪法的组织的首领，其实就是舰队司令斐迪亚斯上将。不顾宪法的所有条约，也不顾任何人民的权利，所有来自太阳系的遗民都遭到了残酷的清洗和拷问。

在军队无情的追查下，为了不连累族人，来自太阳联邦首府地球、具有东方血统的萧纳德终于挺身而出自行投案，并交出了被冰冻的元帅的头颅。

虽然联邦政府强烈谴责了军队违反宪法、无视政府的行为，并要求将领们把凶手交给政府审判，但对政府早已失去信任的军队依旧我行我素。宇宙历元年6月2日，斐迪亚斯上将和科塔夫上将指挥军队占领了联邦通讯中心，当着全银河系人民的面，处死了刺杀元帅的凶手萧纳德，并誓言要将凶手背后的太阳系反抗组织连根挖出、彻底消灭。

随后，军队与赶来维持秩序、收回通讯中心的政府军发生了激烈冲突。面对着德拉斯元首发出的要军队缴械回营的命令，爱德蒙·冯·斐迪亚斯上将冷笑着宣布，军队将不再听从联邦政府的调遣，并以狄士雷利元帅的名义号召全军士兵起来推翻这个无用懦弱的政权。士兵们一呼百应，甚至那些因裁军被打发回原籍的士兵，都在各个星球上起兵响应。

一时间，刚刚结束的战争又再一次爆发了。

相对于上一次的银河战争，历史学家称这一次内战为“银河战争Ⅱ”。

6月2日当天，科培尔星球上就开始了激烈的内战，效忠于德拉斯元首的政府军同狄士雷利领导过的银河联军交火，整个星球，甚至整个银河系又重新陷入了一片火海。

很快，军事上毫无经验的德拉斯政府军节节败退，银河联军控制了一切要害部门，于6月10日正式接收整个联邦首府，宣布成立由军人执政的新银河帝国，追认死去的卡尔·狄士雷利元帅为帝国元首，原银河舰队司令爱德蒙·冯·斐迪亚斯上将就任帝国元帅兼舰队统帅，原银河空军司令托罗斯基·科塔夫担任帝国的总参谋长兼空军、陆军司令。而原银河空军陆战队司令奥莱托·德·摩尔上将因为没有兴趣卷入内战，也不想参加帝国政府，于是宣布退役。

其实，从这一次银河联邦内战中得到最大好处的是太阳系的遗民——趁着联邦内部的混乱，在一个勇敢的青年安东尼·费尔南多的领导下，遗民们成功地逃离了监禁他们的星球，乘着破旧的航母，穿过危险的陨石区与小行星带，到达了位于银河帝国势力范围之外、银河系中最偏僻荒凉的地方——仙后座β星。

在80多光年的漫长逃亡路途中，有30％以上的太阳系人民死于战争和饥饿，最后到达目的地的人数不到8亿。然而，这8亿人却顽强地在那里生活了下来，重新组建了新的太阳联邦政府，并选出英雄萧纳德的遗孀、同样是黑发黑眼睛的柯琳·萧夫人作为他们的领导人，24岁的安东尼·费尔南多成了军事上的首领。

太阳系作为人类文明的发源地，它本身拥有的科学技术要远远领先于银河各个殖民星球，靠着遗民中众多的各类专家，新的联邦迅速发展起来。

而以德拉斯元首为首的原银河联邦政府被迫流亡，在流亡过程中得到了银河64个殖民星的支持。趁着新生的银河军事帝国正忙于镇压境内太阳系遗民的起义和叛逃，联邦政府在离科培尔2万光年以外的普里摩斯星球上建立了新的政权，并得到了喘息。187个殖民星中的另外92个则慑于银河帝国强大的军事力量，宣布效忠于军人执政的新军事帝国；而其余31个比较偏远的殖民星球则表示中立。