郭淮能够体谅他的心情，作为最早被段颍收养的孩子，他对段颍所抱有的感情是极为身后的，在他看来如果不是因为什么“永元遗芽”，段颍也不会在狱中自杀，段家也不会落得家破人亡的境地。所以他此时已经下定决心要陪着“刘稷”彻底将这罪魁祸首彻底铲除。

公元188年（中平五年）二月，“刘稷”等段家子弟跟随着贾诩一同前往姑臧避难，而刘社则留了下来煽动郭太在白波谷起义，所部人马近十万人号称白波军。

随着白波军在刘社的幕后指挥之下声势越来越大，朝廷几次派遣大军都没有是惨败而归。

公元189年五月，汉灵帝刘宏驾崩，他死前将写下遗诏将皇位传于刘协并交给了他自认为十分信任的蹇硕，然而蹇硕此时意识到了刘辩身后的何进和何皇后的势力更加强大，所以他与何进密谋矫诏改立刘辩为皇帝。

董太后得知后十分愤怒，她斥责蹇硕等宦官趋炎附势，并且为了让刘协即位和何皇后作出了激烈的斗争，可是势单力薄的董太后最终还是败下阵来，最终忧愤至死。

此时的刘协处境非常危险，董太后死后自己已经失去了最有利的屏障，此时年仅十岁的司马懿也看出了局势对刘协十分不利，为此他建议刘协主动向何皇后言明自己无意争夺皇位，并要求何皇后拿大量好玩有趣的物件来交换。

何皇后听了刘协的话后认为他不过是个不到十岁的孩子罢了，眼中只有玩乐，根本对刘辩和自己造不成任何的威胁，因此放松了对刘协的警惕，不仅打消了杀他的年头，反而在刘辩登基后敕封刘协为渤海王，后又转封为陈留王。

就在刘协打算和司马懿一同前往封地的时候，洛阳皇宫内突然又掀起了腥风血雨，大将军何进在杀掉蹇硕之后引起了宦官的恐慌，之后不久便被张让、段珪等十常侍密谋在宫廷杀死了何进并对外宣布其意图谋反，意图重新掌握朝政大权。

此时何进手下的司隶校尉袁绍、典军校尉曹操、虎贲中郎将袁术以及其他何进的旧部见此情形后难以容忍，于是率领兵马杀入了皇宫诛杀宦官两千余人，张让、段珪毫无还手之力只好挟持陈留王和少帝刘辩等少数随从逃离皇宫，司马懿也在其中。

等到卢植率领曹操和袁绍杀到德明殿的时候，看到皇宫之内已经没有了任何人的踪影，这时曹操注意到了地面上有扯散的竹简叶片丢在了地上，并且顺着一定的方向朝西而去。

这时曹操对卢植说：“尚书大人，我想恐怕张让挟持陛下和王爷向西逃窜了。”

卢植所想的问题不仅仅是陈留王和少帝的安全，更重要的是司马懿也在被劫持的随从之中，于是他当机立断率领人马沿着竹简的方向追了过去。

坐在马车内的司马懿手中握着被他硬生生扯断绳子的竹简，趁着张让和段珪等人不注意的时候悄悄时不时的丢下一片，直到逃窜至黄河边的小平津时已经是无路可退。

而此时的探马来报说董卓直到京师有变后已经率领五千西凉铁骑向这里进发，洛阳方面卢植率领的人马也自东向西追了过来，两面包围之下张让和段珪知道自己根本没有可以活下去的可能性，所以他们绝望的投入黄河自尽。

本来担心张让狗急跳墙的司马懿见此情形后总算是放下心来了，不过面对现在的情形司马懿凭直觉认为眼下两路兵马之中，应该尽量向东边的卢植靠拢。

刘协听了司马懿的话后立刻对刘辩说出了自己的想法，正当他们准备坐上马车向东快马疾行时，董卓亲自率领的兵马已经赶到了小平津并且截住了他们。

在向刘辩和刘协跪拜行礼的时候，刘辩因为还未从腥风血雨之中走脱出来，所以在回答董卓问题的时候显得十分恐惧。这时刘协站了出来对董卓所提之问题对答如流，并且显得十分从容和镇定，丝毫没有任何的恐惧，从而加深了董卓对他的印象。

当卢植率兵赶到后赶紧下马向刘辩和刘协请罪，当时的司马懿还很年幼，并不知道站在卢植身后的两个年轻将领，居然就是日后叱咤风云的曹操和袁绍。

董卓拿出了何进之前以天子之命发出的密诏，自命为辅政大臣，且此时刘辩和刘协已经在董卓的控制之下，卢植等人只恨没能早到一步，只好暂时退让。

之后董卓开始全面控制朝政，强行征辟之前得罪阳球和刘郃，从而远避泰山得到羊家庇荫的蔡邕，并且有了想废刘辩立刘协来增加自己声望的念头。

然而此举却遭到了卢植和袁绍的极力反对，幸好蔡邕加以说情卢植才免于一死，但还是被罢官了。城门口送行时卢植深知，蔡邕以及他的长女蔡琰同刘社的关系，对此他不免有些担心：“你现在董卓手下出仕，恐怕将来的下场不会太好，一定要多加小心。”